Поездом очень удобно — я бы рекомендовала comfort jet ČD, очень комфортный поезд, новый. И категорически не рекомендую RegioJet — убитые старые вагоны.

Как раз еду из Вены, поездом удобнее, автобусом дешевле. Останавливалась здесь, до центра пешком 10мин, но тут надо смотреть по вашему бюджету и ожиданиям смотреть, возможностей на букинге много. С детьми я лично все же предпочитаю в квартире останавливаться в поездках.

Кстати, если будете смотреть билеты, то посмотрите не только на сайте ČD, но и на австрийском ÖBB. Летом ездили в Клагенфурт, так у австрийских дорог можно было купить билеты в первый класс по цене ниже, чем второй класс у чешских дорог, но это примерно за неделю до отъезда и не возвращаемые билеты.