Это необязательно, но можно зайти в ВЗП и уточнить.

Они сами по-тихоньку меняют, мне так они сами в сентябре поменяли, потом в ноябре мужу поменяли

Мне тоже так ВЗП две карты выдал. Я думала ошибочно.

А у нее вообще оно есть?

Есть конечно. Даже написано на карточке пмж

Просить ВЗП поменять číslo pojištěnce, aby se shodovalo s rodným číslem. Без пмж это сделать сложно, сотрудники ВЗП отказываются менять (хоть это и неправильно), но с получением ПМЖ уже проблем нет.

Если кратко, у иностранцев очень часто rodné číslo и číslo pojištěnce разные, потому что их выдают разные министрества. Чехам повезло, у них это одно и тоже.
Ваша подруга либо невнимательно слушала, что ей говорили в взп, либо ей забыли сказать.
Ей должно прийти 2 синих карточки. Первая со старым номером (с číslo pojištěnce), а потом через 2-3 недели вторая с rodné číslo. Очевидно, что вторая обнуляет первую. Это своего рода костыль для решения проблемы.
И не забываем, что подруге следует незамедлительно нагласить новую карточку везде, где она ей пользуется, например, у практического доктора.