Не знаю как у Вас, но переписать на квартиросъемщика можно только электричество. Да и то не на каждого, если это человек с визой стерпени, то ему могут не подписать контракт в электрической компании.

Мы сами платим поплатки, а квартиросъемщик переводит их вместе с арендой нам. Как есть выучтовани, я или возвращаю переплату или прошу оплатить недоплату

Все правильно, обычно так и делается. Еще есть такой момент, который не все знают или не все хотят выполнять, когда квартиросъемщик платит всю сумму «коммуналки». Тогда когда нужно с арендатора брать только за измеряемые — вода, тепло, мусор, уборка, а вот за фонд оправ, справни службы — это должен платить владелец квартиры.

газ и воду тоже можно на арендатора переписать

Воду как? Это же входит в платеж svj, а перед svj отвечает только владелец квартиры.

когда сдается дом, то там нет никаких svj

Но речь то про квартиру ...

Из личного опыта — ничего не переписываю, беру аванс(zálohy) за коммунальные и электричество, газ.

Если перепишите и останется долг, можете оказаться в ситуации, что Вам «запломбируют» электрометр/счетчик и всё равно будете решать Вы, но уже с большими затратами.

В договоре указываете сумму аренды и сумму авансов на коммуналку (электро, газ, společenstvi vlastníků). Платить лучше самому, чтобы потом не получить неуплат.