Я подавала на адрес, указанный на сайте министерства школстви, ни в какой университет не посылала. По второму не подскажу, если часов мало, вряд ли нострифицируют, если только до бакалавра.

У меня была такая ситуация. Я на второе высшее (экономическое) подала документы в ВШЭ и отметила в анкете, что претендую на магистра, там рассмотрели бумаги, мне написали мейл, что для магистра не хватает часов по предметам и предложили 2 решения: запросить дополнительные документы в России из ВУЗа, либо получить отказ в нострификации и подать аппеляцию в ministerstvo školství, потому что у них критерии одобрения ниже. Я выбрала второе, получила письменный отказ, за 2 недели написала аппеляцию, объяснение, приложила копию нострифицированного диплома с 1 образования, отправила — через месяц получила письмо из министерства, что диплом признан магистерским. Мой путь получился таким длинным, потому что я отправляла одновременно на нострификацию 2 диплома в разные вузы, где были подходящие программы. У вас проще, и можно сразу попробовать приложить заверенную копию нострификации с филфака. И если отказ, подавать на аппеляцию и не сдаваться)