Конечно в Чехии выгоднее, опять же или вы тур хотите или просто отель с лечением а билеты сами покупает.

если решен визовый вопрос, то вероятнее всего купить проживание в санатории в Чехии будет дешевле тут, в местной тур фирме.

Отель с лечением , но визовой поддержи нет

а как вы планируете оформлять визу? это кто-то из родственников едет, будете его приглашать или нужна туристическая виза?

Лучше туристическую , они планируют на 15 дней 

из России приедут? там есть визовый центр?

  Из Казахстана , там есть визовый центр 

Отель даст бумаги на открытие визы ?

отель даст подтверждение, если будет полностью оплачено проживание. Тур фирма даст без оплаты.

Спасибо за помощь 

Не за что. Обращайтесь.