Именно из-за такой мороки,  я оставила свою фамилию после замужества.. как представила, сколько времени, сил и денег потратить на все..

Вы можете тут поменять загран и биометрию, а уже потом в России внутренний.

На основании чего тут дадут загран паспорт на другую фамилию, если во внутреннем паспорте фамилия старая?

Я так меняла, можете позвонить в консульство и узнать. Достаточно переведённого свидетельства о браке. А внутренний вобще не помню надо было или нет, это была осень 2015.

В Праге сказали, что паспорт меняется только на основании внутреннего.

Попробуйте Карловы Вары. Я правда ещё до сих пор внутренний не меняла, но когда меняла загран то им было все равно в консульстве. Вот в России думаю могут начать придираться, что не сразу после свадьбы поменяли. 

Может что-то поменялось ... раньше отправляли сначала поменять внутренний, на основании внутреннего уже могут выдать загран.

Только я в Карловых Варах меняла, не в Праге

Я после замужества поменяла тут загран и биометрию. Внутренний ещё не поменяла. Так что меняйте загран тут, наглашивайте его тут в полиции, потом меняйте биометрию, а внутренний поменяете, как поедете в РФ. Узнавала, сказали, что делают примерно за 10 дней. И если начнут требовать заплатить штраф, просто показываете печати в паспорте и билеты с самолёта, что вы не находились в РФ и не могли поменять паспорт, а в этом случае штраф не платится.